新成立的公司，原先的元老拉塞特以董事身份加入，另一位元老爱德·卡特莫尔，则被任命为皮克斯的首席技术官。
因为与卢卡斯电影公司当初签有竞业禁止条款，所以公司经营初期非常困难。但在条款结束后，皮克斯开始全面好转，制作了一系列广受好评的动画短片，包括《小台灯》(Luxo Jr.)、《Red的梦》(Red's Dream)、《小锡兵》(Tin Toy)和《小雪人大行动》(Knickknack)等。其中，1986年的《小台灯》获得了奥斯卡最佳短片动画电影奖提名，1988年的《小锡兵》获得了奥斯卡最佳短片动画电影奖。
另外，在SIGGRAPH的首次公演会上，他们的动画短片也崭露锋芒、技惊四座，赢得了大众的一致赞誉。(附注：SIGGRAPH的全称为Special Interest Group on Computer Graphics(美国计算机协会)计算机绘图专业组，SIGGRAPH大会主要展示一些计算机图形图像方面的新技术和新成就)
强强联合 捷报不断
从1937年的《白雪公主()》开始，迪斯尼制作了一部又一部经典的动画电影，比如《小鹿斑比》《仙履奇缘》等，从而建立了自己的动画帝国，坐上了动画江湖界的第一把交椅。但是，他们制作的这些动画全都是传统的2D(二维)动画，制作方法也是劳动密集型的繁琐手绘工序。迪斯尼知道，电脑迟早要进入到动画领域，为了与时俱进，他们打算找一家电脑动画公司合作，进军3D(三维)电脑动画。
迪斯尼看上了技术扎实崭露头角的Pixar。1991年5月，Pixar与迪斯尼签订了制作三部动画长片的协议，根据协议，Pixar负责制作，迪斯尼负责发行，双方共同分担制作费和票房收入，Pixar还要额外付给迪斯尼一部分发行费。
经过几年的制作，1995年，双方合作的第一部全电脑动画长片《玩具总动员》(Toy Story)完成。在该片中，Pixar使用新技术创造出了栩栩如生的三维玩具形象，同时赋予他们人类的显著特点。影片获得了巨大成功，仅在美国本土就狂收1.92亿美元票房，全球票房更是高达3.62亿美元，刷新了动画电影的纪录。这个作品还被称为继《米老鼠》赋予动画片声音，《白雪公主》赋予动画片色彩之后的第三次飞跃——赋予动画片3D！
眼见合作初战告捷、旗开得胜，1997年2月，迪斯尼和Pixar修订了协议，决定合作五部片子而不是三部。根据协议，制作成本双方分担，发行费用由迪斯尼独家承担。双方共同拥有影片版权，共享影片票房以及与影片有关的商品和另外的附属产品创造的收益。
1998年11月25日，迪斯尼与皮克斯合作的第二部电脑动画长片《虫虫特工队》(A Bug's Life)上映，共收得美国1.62亿美元、全球3.63亿美元的票房进账，击败了同期推出的梦工厂《蚂蚁雄兵》，成为当年动画长片票房冠军。
